Jednostka Wojskowa AGAT jest Jednostką Wojsk Specjalnych, której zasadniczym przeznaczeniem jest wsparcie bojowe innych jednostek Wojsk Specjalnych przy realizacji zadań w ramach wykonywania operacji specjalnych w układzie narodowym, sojuszniczym i koalicyjnym.
Ponadto, Jednostka Wojskowa AGAT realizuje zadania: