Jednostka Wojskowa AGAT jest Jednostką Wojsk Specjalnych, której zasadniczym przeznaczeniem jest wsparcie bojowe innych jednostek Wojsk Specjalnych przy realizacji zadań w ramach wykonywania operacji specjalnych w układzie narodowym, sojuszniczym i koalicyjnym.

Ponadto, Jednostka Wojskowa AGAT realizuje zadania:

• wsparcie przeciwdziałania działaniom nieregularnym,
• wsparcie operacji uwalniania zakładników oraz ochrony wydzielonych obiektów wojskowej infrastruktury krytycznej, a także w zależności od potrzeb, wskazanych obiektów narodowej infrastruktury gospodarczej o znaczeniu strategicznym.